La cuenca del río Zapote es irrigada por los ríos Las Haciendas, Pizote, Rito y el caño Negro; estos cursos de agua se originan en la región, los cuales presentan una dirección de sur a norte. El río Las Haciendas es límite con la provincia de Guanacaste. Las principales lagunas en la cuenca son El Piñol y Camelia. Ningún otro pueblo de los que hemos conocido a través del terruño se muestra tan apegado, tan arraigado a un río, como Upala al Zapote. A la vera de las aguas se estableció el pueblo; y quizás porque era el viejo cordón umbilical que unía a las gentes con el mundo exterior, vale decir con Nicaragua, parece ser que los moradores, por lo menos las viejas generaciones, tiene aquí hundido, metido entre las aguas, su ombligo. Y es que durante largos años esta región estuvo aislada del resto del país;

Los productos se vendían en Nicaragua y aquí se adquirían aquellas mercaderías que necesitaba la población. Por esta unión al norte puede decirse que la mayoría de los upaleños, así como los chilenos y los sanrafaeleños, son de origen nicaragüense. No fue sino hace unos 25 años que comenzaron a llegar los vehículos desde la carretera Interamericana, a la altura de Corobicí, Cañas, venciendo mil peligros; posteriormente se hizo la carretera, y hoy Upala está unida por una buena vía con el punto antes citado en la Interamericana y con Guatuso. Incluso un puente de primer orden existe para salvar el paso del Zapote, el río que fue y sigue siendo el mejor amigo de los upaleños. Un río muy hermoso y que lleva sus aguas hasta el Lago de Nicaragua adonde llega unido a otros afluentes como el Chimarría y el Caño Negro.