Nace en la parte occidental de las montañas de El Aguacate, viejo centro minero. Se cuenta que el nombre se debe a una expresión de los conquistadores españoles, ya que al llegar a sus riberas, uno de ellos dijo: "Jesús, María y José, que río más hermoso.

Probablemente el hombre, en efecto, se refirió, a lo hermoso y no a lo grande, porque es un río mediano, que no tiene grandes corrientes salvo cuando hay lluvias apreciables en la zona. El Jesús María, en forma muy similar al Grande y al Barranca, significó un dolor de cabeza para nuestros abuelos cuando iban a Puntarenas en las caravanas de carretas que llevaban café al Puerto y traían de allá mercancías importadas.

Pero era tal la penuria del Estado en aquellos años a mediados del siglo pasado que las damas linajudas de la época hicieron una recolecta para construir un puente. Se hizo la campaña, se recaudó el dinero en ocasiones algunas damas cedían sus prendas más apreciadas y se construyó el sólido y hermoso puente que aun hoy se mantiene en perfectas condiciones llamado, precisamente De Las Damas. El Jesús María desemboca, en la playa de Tivives, en donde termina dicha playa y empieza, en la parte sur, el llamado Peñón de Tivives.